Em 11 de dezembro de 1981, quando foi instalado oficialmente o Tribunal, sua sede era provisória, situada em imóvel alugado no Edifício Zacarias, à rua Saldanha Marinho, 01-A, no centro da Capital de Santa Catarina. Essa situação perdurou até a passagem para a sede definitiva e própria, que, paralelamente aos trabalhos de instalação, já estava sendo planejada, com a aquisição de imóvel, ampliação de área já edificada, anexação de terreno e construção de novas instalações, providências que tiveram início em 1981 e foram completadas em 1989.
O TRT 12ª Região funcionou na rua Saldanha Marinho, 01-A até 30 de setembro de 1983, quando foi oficialmente implantada a nova sede, no endereço próprio, à rua Esteves Júnior, mesmo não estando ainda completas todas as obras planejadas.
A preocupação em dotar o TRT da 12ª Região de sede própria existiu desde o momento em que foi publicada a Lei da sua criação.
Ainda em 1981 foi dado o primeiro passo com a aquisição de imóvel pertencente na época à Universidade Federal de Santa Catarina, constituído de um prédio de três pavimentos com área construída de aproximadamente 1.800 m², com frente para a rua Prof. Luiz Sanches Bezerra da Trindade, e um terreno de 2.774 m², ao fundo, com frente para a rua Esteves Júnior, nº 93 (atual nº 395).
A esse imóvel foi posteriormente anexada outra área de 660 m², sem edificações, com frente para a rua Prof. Luiz Sanches Bezerra da Trindade, formando, assim, uma área total de 3.434 m² com frente para ambas as vias públicas já mencionadas.
Em 31 de outubro de 1983, o prédio contíguo à sede do Tribunal foi desapropriado pelo Decreto n.º 88.921, de 26 de outubro de 1983, da Presidência da República, abrigando até 1989 os Gabinetes dos Juízes.
A partir das edificações existentes e do terreno disponível, a Assessoria Especial de Planejamento, criada junto à Presidência do Tribunal, passou a fazer estudos e a elaborar projetos de reforma e ampliação nos prédios antigos, inclusive o projeto da futura sede, visando inatalar em um único local todos os Serviços Judiciários e Administrativos afetos ao Tribunal.
Em meados de 1982, foram iniciadas as obras civis de reformas e ampliação nos imóveis adquiridos, começando pelo antigo prédio da Faculdade de Bioquímica, adquirido da UFSC, para alojar grande parte dos Serviços.
No dia 30 de setembro de 1983, mesmo não contando com a conclusão total das obras de ampliação e reformas planejadas, o TRT da 12ª Região foi oficialmente instalado em sua sede própria à rua Esteves Júnior, nº 93 (atual nº 395).
Para assinalar a data foi realizada uma Sessão Solene, bem como descerrada uma placa comemorativa.
Concluídos os procedimentos jurídicos de desapropriação do imóvel já mencionado, foi dado início à sua reforma para abrigar os Gabinetes de Juízes, bem como a construção de um prédio especial de um pavimento para o Plenário do Tribunal.
Em 1984, a Prefeitura Municipal de Florianópolis aprovou o projeto relativo ao prédio principal; ainda no mesmo ano, foi dado início à etapa de estaqueamento.
Em 22 de novembro de 1985 foi entregue o prédio adaptado para abrigar os Gabinetes de Juízes, e, em Sessão Solene, na presença do Presidente do Tribunal Superior do Trabalho, Ministro Carlos Coqueijo Torreão da Costa, do seu Vice-Presidente, Ministro Marcelo Pimentel, do Governador do Estado, Esperidião Amim Helou Filho, do Arcebispo Metropolitano, Dom Afonso Niehues, das autoridades civis, militares e sindicais e perante a expressiva presença da comunidade catarinense, foi inaugurado o Plenário do TRT da 12ª Região.
As obras do prédio principal tiveram seqüência, bem como as adaptações em andamento, e ao ensejo da comemoração dos oito anos de instalação do Tribunal, em 11 de dezembro de 1989, foi inaugurado o Edifício sede, com 13 pavimentos e 5.389 m² de área construída, formando com as outras edificações um conjunto que abriga as áreas Judiciária e Administrativa do Tribunal, com exceção do Serviço de Assistência aos Servidores, localizado em prédio diverso.
Em 2 de dezembro de 2013, a área judiciária da segunda instância e os gabinetes dos 18 Desembargadores do TRT da 12ª Região, foram realocados e instalados na denominada Sede Judiciária, que ficava no prédio "Centro Executivo Rio Branco", na Av. Rio Branco, nº 919, centro Florianópolis.
Em 31 de Julho de 2020, após readequação do prédio localizado na Rua Esteves Júnior nº 395, Centro - Florianópolis /SC, todas as Unidades voltaram a integrar Sede única.
